Configurazione

Indice

1. Utilizzo repository e dipendenze
2. Utilizzo e spiegazione script

Utilizzo repository e dipendenze

Monitoraggio vaccini Italia utilizza Python 3.7 per recuperare ed analizzare automaticamente i dati rilasciati nei report settimanali dell’Istituto Superiore di Sanità come ad es.:

Bollettino-sorveglianza-integrata-COVID-19_28-giugno-2022.pdf

1. Per cominciare clona il repository tramite il seguente comando:

   git clone git@github.com:apalladi/covid_vaccini_monitoraggio.git
   cd covid_vaccini_monitoraggio
   

2. Per contribuire al progetto è consigliata la creazione di un environment virtuale:

   python -m venv .env
   source .env/bin/activate
   

3. Nell’environment virtuale è possibile installare automaticamente i pacchetti richiesti utilizzando il seguendo comando:

   pip install -r requirements.txt
   

4. Ti consigliamo di lavorare su una nuova branch cosi da permetterci eventuali cambiamenti:

   git checkout -b [nome_nuovo_branch]
   git push origin [nome_nuovo_branch]
   

Utilizzo e spiegazione script

Lo script dati/dati_selezione.py estrae i dati per l’analisi a partire dal report selezionato. I dati epidemiologici e delle popolazioni di riferimento vengono salvati in dati/dati_ISS_complessivi.xlsx mentre quelli suddivisi per età in dati/dati_ISS_età.xlsx¹.

Lo script è stato aggiornato il 10/11/2021 per includere i vaccinati con dose aggiuntiva. Sono necessari ghostscript e tkinker per il corretto funzionamento di camelot.

Per gli utenti Windows: per la corretta generazione della mappa seguire le istruzioni.

I dati possono essere analizzati mediante i seguenti script:

1. scripts/andamento_epidemia.py: calcola le curve epidemiche relative a nuovi casi, ospedalizzati, ricoverati in terapia intensiva e deceduti, divise per vaccinati e non vaccinati. Le curve epidemiche sono rapportate al numero di vaccinati e non vaccinati, in ogni intervallo temporale. In questo modo è possibile calcolare i tassi standardizzati (aggiustati per fascia di età²). Data la sproporzione tra il numero di vaccinati e non vaccinati, i numeri assoluti risultano infatti poco utili per monitare l’andamento dell’epidemia.

2. scripts/andamento_rapporti_incidenze.py: calcola il contributo dei non vaccinati rispetto all’incidenza totale nelle varie fasce di età.

3. scripts/confronti_europei.py: aggiorna gli andamenti delle curve epidemiologiche e delle vaccinazioni dei paesi dell’Eurozona.

4. scripts/confronti_europei_map.py: mappa bivariata che mette in relazione la copertura vaccinale al numero dei decessi nell’Eurozona.

5. scripts/confronto_2020_2021.py: restituisce gli andamenti delle curve epidemiche 2020 e 2021. Per il 2021 vengono mostrate separatamente le curve dei vaccinati e dei non vaccinati.

6. scripts/efficacia_vaccini.py: calcola i tassi per ogni fascia di età e per stato vaccinale (vaccinati e non vaccinati) relativi all’ultimo report dell’ISS. Ciò permette di calcolare le incidenze per ogni fascia d’età e di valutare correttamente l’efficacia dei vaccini nel prevenire il contagio, l’ospedalizzazione, il ricovero in terapia intensiva e il decesso.

Per eseguire un aggiornamento generale, utilizzare il seguente comando dalla directory principale:

./update_all.sh